Keiji Nakazawa wurde 1939 als viertes von sechs Kindern in Hiroshima geboren. Sein Vater, sein kleiner Bruder und seine ältere Schwester kamen beim Abwurf der Atombombe am 6. August 1945 ums Leben. Er selbst leidet seitdem an Leukämie und seine Mutter starb 1966 an den Folgen der nuklearen Strahlung.

Im Alter von 22 Jahren zog Keiji Nakazawa nach Tokio und begann seine Karriere als professioneller Zeichner. Seine ersten Arbeiten wurden ab 1963 im Monatsmagazin Shônen Gaho veröffentlicht. Fünf Jahre später erschien mit Kuroi ame ni utarete (Unter dem schwarzen Regen) ein erstes Werk, das seine Erinnerungen an die Tragödie von Hiroshima zum Thema machte.

Mit Ore wa mita (Ich habe es gesehen) gab er 1972 in einer kurzen Geschichte ein weiteres Mal Einblick in seine persönlichen Erfahrungen mit den Geschehnissen vor und nach der nuklearen Katastrophe. Im gleichen Jahr erschien Hadashi no Gen im Shûkan Shônen Jump, Japans meistverkauftem Manga-Magazin, in dem die autobiographische Geschichte wöchentlich abgedruckt wurde.

Bis heute ist diese Arbeit sein bekanntestes Werk, das in zahlreiche Sprachen übersetzt, und unter anderem als Theaterstück und Animationsfilm umgesetzt wurde.

Seit 1976 widmet sich eine Gruppe mit dem Namen Project Gen Keiji Nakazawas Schaffen. Die ehrenamtlich arbeitenden Mitglieder aus zahlreichen Nationen haben es sich zur Aufgabe gemacht, seinen Manga in möglichst viele Sprachen zu übersetzen und damit auch Menschen außerhalb Japans die Möglichkeit zu geben, Gens Botschaft zu hören.

Am 19. Dezember 2012 verstarb Keiji Nakazawa im Alter von 73 Jahren an den Folgen einer Krebserkrankung.